根據天氣預報，2018年6月24日至27日，受西南暖濕氣流影響，嘉陵江流域陜西段將普降中到大雨，局部大到暴雨。黃河公司巨亭水電站按照暴雨預報提前準備應對此次強降雨，做到人員、思想、工作三到位，并再次確認各項工作落實，同時按照寧強縣防汛抗旱指揮部要求，提前將庫水位降低2米，騰出500萬m?庫容，防范此次洪峰對下游燕子砭鎮安居工程防護大堤圍堰造成危害。
暴雨如期而來，逐步升級為紅色預警。6月24日08時：00—25日08：00，電站所處寧強縣局地最大降雨量237mm，壩址區降雨量93mm，預報嘉陵江略陽段洪峰達800-1500m?/s，26日16：00，嘉陵江912m?/s洪峰順利通過電站。泄洪過程中，電站按照寧強縣防汛抗旱指揮部要求，在保證水庫安全的前提下，利用所騰庫容調峰錯峰，有效緩解了下游壓力。此次強降雨雖未對電站及上游造成災害，但對距離電站下游30公里處的燕子砭鎮安居工程防護大堤圍堰造成險情。6月27日降雨停止。
6月29日14：00，陜西省防汛抗旱指揮部發布防汛預警信息，7月2日至3日，陜西境內嘉陵江流域將出現入汛以來最強暴雨天氣。陜西能源公司高度重視此次強降雨過程，各部門相關人員、電站全體人員到崗，電站組織采購了充足的應急食品與物資；將各項防汛物資前移至廠房；對交通車輛、通訊設備進行檢查保養；對柴油發電機、全廠排水溝、防洪門密封、擋排水設施、排水系統進行全面檢查；對重點部位防汛責任人再次明確，確保排水通暢，萬無一失。同時為確保下游燕子砭圍堰安全，電站不惜放棄發電利益，再次將庫水位降至594.5m，騰出庫容1110萬m?，用于調峰錯峰。
7月2日凌晨大暴雨再次襲來，嘉陵江上游寧強、略陽、鳳縣、徽縣、成縣等縣均發布暴雨紅色預警。電站壩址區01:00-08：00期間降雨量達到67mm，上午8：00略陽流量109m?/s，電站實測入庫流量623m?/s，略陽至壩址區間強降雨。連續降雨使土壤飽和并引發地質災害，電站附近山體發生多處邊坡塌滑、道路坍塌，廠房左岸道路及進廠防洪門處山洪涌來，進廠防洪門前第二道截水溝被落石堵塞，山洪夾雜著石塊與泥草涌向進廠防洪門，防汛值班人員進行專人瞭望，部分人員進行快速疏通。上午07：26電站2號閘門開度1.6m、4號閘門開度1.9m，保持出入庫平衡；07:30許電站1號機組因水頭低振動值超標停機備用。電站內各部正常。
上午08:00，電站將上述情況匯報黃河公司防汛辦和調控中心，黃河公司防汛辦要求電站立即將人員撤離至廠房，做好防汛搶險準備。
強降雨持續，險情就是命令,上午08:30，電站全體人員撤離至電站進行避險，以防綜合樓后邊坡發生滑坡。上午09：00，陜西能源公司啟動防氣象災害專項應急預案進行緊急應對處置。09：30，陜西省水文水資源勘測局發布洪水藍色預警信號。黃河公司總經理魏顯貴、副總經理王興玉了解汛期后，先后向陜西能源公司巨亭水電站現場負責人作出指示：一是加強防范絕對確保人員安全，二是嚴格按照屬地防汛辦的調令泄洪，確保大壩和下游安全，三是安排好后勤保障，確保員工生活正常。
上午10：20，強降雨導致移動通訊中斷，電站通過海事衛星電話對外聯系。
上午10:40分；電站防汛搶險現場指揮部組織召開全員會議，電站26名工作人員全體參加會議。會上強調，公司已啟動防氣象災害專項應急預案，重點要求各部門高度重視此次防汛工作，要絕對確保抗洪期間人身和交通安全，嚴密防范地質災害傷害事件；由于燕子砭河堤防護，在確保電站100％安全前提下，予以全力配合；加強運行監控，設備巡視工作，確保廠內廠區排水系統正常，杜絕水淹廠房；及時咨詢上下游水情、汛情，做好水情預報、匯報工作；克服困難，做好防汛值班、輪班工作和后勤物資、生活保障；抗洪期間各部人員，避免單獨行動，發現險情，及時匯報，第一時間進行判斷處理。
16:00分陜西省防汛抗旱總指揮部啟動漢江嘉陵江流域IV級防汛應急響應，19:18分電站移動通訊網絡恢復正常，21:00分嘉陵江略陽水文站洪水預警預報7月3日03:00分洪峰流量為1200m?/s。7月3日04：30分略陽水文站達到洪峰峰頂流量1440m?/s，07:00分洪峰流量1870m?/s到達電站。
7月1日-2日，寧強縣局地24小時最大降雨量239mm，距離電站下游30公里處的燕子砭嘉陵江干流段由流溪溝、黑水河、三道河、清河、燕子河等支流匯入，連續降雨，土壤飽和，支流流量均暴漲達警戒水位。正在施工的燕子砭鎮安居工程防護大堤圍堰受到洪水嚴重威脅，電站為確保圍堰安全，防汛值班人員每20分鐘詢問一次略陽水文站流量，密切與寧強縣防汛抗旱指揮部聯系，科學調度，在圍堰加固過程中，下游支流流量暴漲、電站入庫800-1600m?/s流量時，利用騰出的庫容，調整下泄流量，出庫流量在600-1200m?/s之間多次調整，確保與下游洪峰不重疊，保證圍堰加固安全施工。在1870m?/s洪峰流量到達電站時，出庫流量始終未大于1600m?/s，確保了下游圍堰安全。此輪強降雨期間，電站經過長達8天調整，泄水閘門操作次數達119次，全力調峰錯峰，為圍堰的加高加固贏得了寶貴的時間，同時確保了圍堰安全，得到了寧強縣防汛抗旱指揮部的高度贊揚。
7月4日09:30分黃河公司防汛辦一行三人克服沿途道路塌方、落石等風險，冒雨到達現場，檢查指導電站防汛工作，帶來了黃河公司領導對巨亭水電站一線員工的關懷和慰問。看到電站員工連續48小時吃住工作在廠房，生產、度汛現場井然有序，對電站本次防汛和汛前檢查整改完成情況給予了肯定，對下一步防汛工作提出要求，一是要高度重視并確保人員和交通安全，把人身安全放在首要位置，重點防范地質災害風險；二是要克服困難，及時補充好生活物資，以防交通中斷；三是繼續與地方政府、二郎壩水電公司做好聯動互助工作；四是汛后及時做好此次抗洪搶險工作經驗總結。
本次強降雨期間進廠道路多處發生塌落，阻斷交通，電站積極聯系巨亭鎮防汛辦，共同對道路進行疏通，確保電站抗洪期間交通順暢。7月4日08:00分庫區發現從上游漂落的鐵船，值班人員立即向縣防汛辦匯報并通知巨亭鎮防汛辦聯系船主，待泄洪結束進行打撈。
電站全體人員于7月2日起24小時撤離至電站內部避險、搶險，至7月4日18:30分檢查綜合樓后邊坡穩定，關閉防氣象災害專項應急預案，生活作息恢復正常。7月4日14:30分水頭恢復后1號機組并網運行。7月5日11:00漢江嘉陵江流域IV級防汛應急響應解除。
截止7月4日20時，電站洪水已消退至885m?/s，降雨量從6月25日08時-7月4日08時降雨量280mm，入庫水量4.8795億m?，發電用水量1.5315億m?，泄洪水量3.3905億m?，最大洪峰流量1870m?/s，累計搶發電量654.06萬千瓦時，泄洪閘門操作次數119次。
本次抗洪搶險在黃河公司、寧強縣防汛指揮部的正確指揮下，陜西能源公司發揚2017年“8.8”抗震抗汛精神，準備充分，公司負責人24小時現場一線指揮，各級人員嚴守防汛崗位、嚴肅防汛紀律，加強與各有關部門的聯系溝通，及時觀測分析雨水情，及時預報預警，及時啟動應急預案，果斷撤離，連續作戰，妥善處置，應對得當，確保了電站及下游燕子砭安居防護工程大堤圍堰安全、度汛安全，無人員傷亡和設備財產損失，為下一步防大汛抗大災積累了寶貴經驗。
